Er zijn situaties waarin het eten van microgroenten niet aan te raden is. Bijvoorbeeld als ze over de datum zijn, papperig, slijmerig of sterk riekend. Rauwe gekiemde sojabonen en kidneybonen bevatten veel stoffen die de opname van eiwitten en vetten in de darmen belemmeren en voedselvergiftigingsverschijnselen kunnen veroorzaken. Gekiemde pintobonen, witte bonen, zwarte oogbonen, limabonen, zwarte bonen, adukibonen, linzen en erwten bevatten deze stoffen in mindere mate. Alfalfa en gekiemde kikkererwten zijn hiervan het minst gevaarlijk, maar moet je ook niet iedere dag eten. Het is verstandig om aan de TGT-datum te houden en de kiemgroenten goed te wassen voordat je ze eet. Indien je gekiemde kiemen hebt die ouder zijn dan enkele dagen, is het aan te raden ze te koken voordat je ze consumeert. Invriezen en drogen van kiemgroenten is niet aan te raden vanwege de verslechtering van smaak en textuur na ontdooien of opnieuw hydrateren.