Een van de nadelen van sous vide koken is het risico van onvoldoende verpakking, zoals het gebruik van ongepaste vacuümzakken of het niet volledig vacuüm trekken van de zakken. Verkeerde temperatuurinstellingen, zoals het instellen van een te hoge of te lage temperatuur, kunnen leiden tot onder- of overgaring. Te lange kooktijden kunnen ook een nadeel zijn, omdat ze kunnen leiden tot een onaangename textuur of smaak. Onvoldoende kookruimte, waarbij te veel voedsel in één keer wordt geplaatst, kan de circulatie van het water belemmeren. Het verkeerd gebruik van kruiden en specerijen, zoals te veel gebruiken, kan ook een nadeel zijn. Onvoldoende voorbereiding van ingrediënten, zoals het niet marineren van vlees of het niet snijden van groenten in gelijke stukken, kan ook invloed hebben. Het niet controleren van waterniveaus kan leiden tot een droog of niet gelijkmatig gegaard product. Een slechte kwaliteit van ingrediënten kan de eindresultaten beïnvloeden. Geen rekening houden met de dikte van ingrediënten kan ook een nadeel zijn. Tot slot kan geen nabehandeling, zoals het niet afwerken van gerechten na sous-vide koken, een nadeel zijn.