De moleculaire bereidingen laten de ingrediënten vaak rauw, of bijna rauw, waardoor de voedingsstoffen in deze iets minder goed verteerbaar kunnen zijn, met name eiwitten.
De vitamines worden redelijk intact gelaten, maar in rauw voedsel zitten ook stoffen die niet geïnactiveerd zijn en die de opname van vitamines en mineralen kunnen bemoeilijken.
In de moleculaire keuken wordt vaak geprobeerd om texturen en consistenties te ontwikkelen zonder hulp van de traditionele bindmiddelen: vet en zetmeel.
In plaats daarvan gebruikt men gelatine, agar-agar, schuimen...
Hierdoor is de calorische waarde van deze gerechten vaak lager.
In het algemeen zijn de porties aan de kleine kant.